Նրա դեմ շինծու գործը քննվում է Արցախի նախկին ռազմաքաղաքական ղեկավարների դեմ գործից առանձնացված։ Ադրբեջանը Վարդանյանին մեղադրում է «խոշտանգումների», «շահադիտական գործունեության», «պատերազմի օրենքների խախտման», «ահաբեկչության», «ահաբեկչության ֆինանսավորման» համար:
Շինծու դատավարության գործընթացը մեկնարկել էր հունվարի 17-ին: